Fernando, ein Schriftsteller um die 50, kehrt nach 30 Jahren Abwesenheit in seine Heimat Kolumbien zurück. Hautnah erlebt er in der Stadt Medellin, wie zahlreiche Menschen täglich auf der Straße willkürlich erschossen werden. Inmitten dieser Hölle begegnet ihm seine große Liebe - in Gestalt eines jugendlichen Mörders...

Der Film beruht auf dem autobiografisch geprägten Roman "La Viergen de los sicarios" des kolumbianischen Schriftstellers Fernando Vallejo, der auch die Drehbuchadaption schrieb. Höchst provozierend schildern Buch und Film die Beiläufigkeit, mit der in der kolumbianischen Stadt Medellin Menschen tagtäglich einfach abgeknallt werden, die Abstumpfung, die diese unermessliche Gewalt erzeugt, und die Folgenlosigkeit des Mordens. Barbet Schroeder drehte "Die Madonna der Mörder" digital mit High Definition Material und nutzte die Möglichkeit, mit mehreren Kameras gleichzeitig zu arbeiten. In der digitalen Nachbearbeitung veränderte er zum Teil die Tagesstimmungen und die Farbgebungen. Um nahezu gänzlich mit Originalton arbeiten zu können, erhielten die Schauspieler Mikroports. Für die Rollen des Alexis und des Wilmar engagierte Schroeder Jungen, die mit ähnlichen Problemen kämpften wie die im Film dargestellten Jugendlichen. Die Dreharbeiten standen im Schatten täglicher Berichte über Massenerschießungen und erforderten große Sicherheitsvorkehrungen. Als Ausländer war Schroeder in ständiger Gefahr, entführt zu werden, und hatte stets Bodyguards bei sich.