Beim Versuch, im Snackautomaten von Fort Knox Käseflips zu stehlen, werden die vier Pinguine Skipper, Kowalski, Rico und Private vom gefährlichen Bösewicht Doktor Octavius Brine - in Wirklichkeit die Krake Dave - gefangen genommen. Doch sie schaffen es, sich zu befreien. Bei ihrer turbulenten Flucht durch Venedig werden sie von der mysteriösen Geheimorganisation Nordwind unter der Führung eines Huskys gerettet. Gemeinsam mit Husky und dessen Mitstreitern müssen die Pinguine nun alles daran setzen, Brine, der die Weltherrschaft anstrebt, unschädlich zu machen.