Heidi und der Alpöhi haben sich den Winter über im Dorf bei Peters Mutter Brigitte einquartiert. Die Kinder besuchen gemeinsam die Schule, doch Peter kann dem Unterricht noch immer nichts abgewinnen und schwänzt so oft wie möglich. Zusammen mit dem Lehrer entwickeln Heidi und der Alpöhi deshalb einen Plan, um den Faulenzer zu motivieren: Der Samichlaus soll ihm Beine machen. Währenddessen wird im Hause Sesemann in Frankfurt die längst überfällige Reise in die Schweiz immer wieder verschoben. In den Sommerferien soll es endlich klappen. Doch als die Koffer schon gepackt sind, will Herr Sesemann wieder einen Rückzieher machen: Der Grund sind Geschäfte. Das freut Fräulein Rottenmeier , denn ihr graut vor den Bergen, und lässt Klara in Tränen ausbrechen. Da eilt Grossmutter Sesemann ihrer Enkelin zu Hilfe und übernimmt kurzerhand die Reiseleitung. Doch im «Dörfli» hat der schusselige Peter vergessen, Heidi den Brief von Klara zu übergeben. Als sie die freudige Nachricht endlich liest, stehen die Frankfurter bereits vor der Alphütte. Heidi und Klara, die wegen eines Rückfalls wieder den Rollstuhl benötigt, sehen einem unbeschwerten Sommer entgegen. Nur Peter, der heimlich in Heidi verliebt ist, hat eine harte Zeit. Eines Tages zerstört er aus Eifersucht Klaras Rollstuhl. Doch dieser Racheakt hat ungeahnte Folgen. Der Kinoerfolg von «Heidi» (1952) verlangte schon aus rein wirtschaftlichen Gründen nach einer Fortsetzung. Drehbuchautor Richard Schweizer schrieb deshalb frei nach Johanna Spyri und mit viel eigener Fantasie eine zweite Geschichte, die «fremdenverkehrstauglich» in den schönsten Gegenden des Kantons Graubünden angesiedelt ist. Die Schweizer Bergwelt sollte diesmal noch besser zur Geltung gebracht werden, denn man hatte sich entschieden, «Heidi und Peter» als ersten Schweizer Spielfilm in Farbe zu drehen. Die Regie übernahm der Berner Franz Schnyder, der mit seinen beiden aussergewöhnlich erfolgreichen Gotthelf-Verfilmungen «Uli der Knecht» und «Uli der Pächter» sein Talent für ländlich-bäuerliche Themen unter Beweis gestellt hatte. Für sämtliche Hauptrollen konnte wieder die Originalbesetzung verpflichtet werden. Kameramann Emil Berna durfte die Geschichte in spektakuläre Bilder umsetzen. Weil diesmal bedeutend mehr Geld zur Verfügung stand, wurde eine Sturmsequenz, die als dramatischer Höhepunkt die zweite Filmhälfte prägt, in den Studios der Bavaria Film in München gedreht. Dafür wurde eigens ein riesiger Wassertank gebaut, um die Überschwemmung des Dorfes so realistisch wie möglich zeigen zu können.