Der clevere Kubo lebt ein einfaches und ruhiges Leben. Er erzählt den Anwohnern seines Städchens an der Küste Japans wunderbare Geschichten und verdient damit seinen Unterhalt. Doch dann wird sein Leben auf den Kopf gestellt. Als Kubo versehentlich einen sagenhaften Geist aus der Vergangenheit herbeiruft, lebt eine alte Fehde wieder auf. Gemeinsam mit Monkey und Beetle begibt sich Kubo auf eine abenteuerliche Reise.