Unbemerkt von der Öffentlichkeit leben seit Jahrzehnten Außerirdische auf der Erde. Kontrolliert werden sie von der Geheimorganisation "Men In Black", die den Aliens Aufenthaltsgenehmigungen erteilt und sich darum kümmert, dass diese sich angemessen verhalten. Der New Yorker Polizist James Edwards wird vom mysteriösen Agent K für die "Men In Black" rekrutiert. Als eine illegal auf der Erde gelandete Riesenschabe in Gestalt eines Farmers sich anschickt, die Weltherrschaft an sich zu reißen, müssen Agent K und sein noch unerfahrener Kollege Agent J gemeinsam gegen das Kakerlaken-Monstrum in den Kampf ziehen.