Agent K arbeitet für die Organisation MiB, die das Treiben der auf der Erde lebenden Außerirdischen beobachtet und Schadensbegrenzung betreibt. Die Menschen wissen weder von der Existenz der Außerirdischen noch von der Agenten. K rekrutiert den New Yorker Polizisten James Edward und geht fortan mit ihm auf Streife. Sie erhalten den Auftrag, ein die Welt bedrohendes Rieseninsekt auszuschalten und geraten dabei in turbulente Abenteuer.