Scientology reklamiert für sich den Status einer Kirche und einer Glaubensgemeinschaft, die ihren Mitgliedern zu höheren spirituellen Erkenntnissen verhilft. Während die "Church of Scientology" in den USA zwar heftig umstritten, rechtlich aber anderen Religionsgemeinschaften gleichgestellt ist, wird sie in verschiedenen Ländern Europas als extremistische Sekte eingestuft. In Deutschland etwa beobachtet der Verfassungsschutz die Organisation seit Mitte der 1990er Jahre wegen des "begründeten Verdachts verfassungsfeindlicher Bestrebungen", denn ihr Ziel sei die Errichtung einer totalitären Gesellschaftsordnung. Der vielfach preisgekrönte Filmemacher Alex Gibney widmet sich in seinem Dokumentarfilm der Sekte, die insbesondere in den USA vielfältige Verbindungen in die Welt des Films, der Wirtschaft und der Politik unterhält, und zeigt anhand ihrer Geschichte von ihrer Entstehung bis heute und anhand ihres Umgangs mit Abweichlern und Kritikern die Abgründe der Organisation auf. Acht Scientology-Aussteiger, zum Teil aus der höchsten Führungsebene der Organisation, berichten in "Scientology: Ein Glaubensgefängnis" von ihren Erfahrungen mit der Sekte und schildern anschaulich, wie die Organisation Menschen manipuliert und schikaniert. Zu den Aussteigern, die aus dem Inneren der Sekte berichten, zählen der renommierte Hollywood-Drehbuchautor und "Oscar"-Preisträger Paul Haggis, der ehemalige Spitzenfunktionär Marty Rathbun, der zwei Jahrzehnte lang als rechte Hand des aktuellen Scientology-Vorsitzenden David Miscavige fungierte, der ehemalige Pressesprecher der Sekte Mike Rinder und der Schauspieler Jason Beghe. Ebenfalls zu Wort kommen zahlreiche Scientology-Experten wie der Journalist Tony Ortega, der seit mehr als zwanzig Jahren kritisch über die Sekte berichtet, und die Herausgeberin des Branchenblattes "The Hollywood Reporter", Kim Masters, die regelmäßig über die Verbindungen von Scientology und Hollywood berichtet. Alex Gibneys investigativer und brisanter Dokumentarfilm basiert auf Lawrence Wrights mit dem Pulitzer-Preis ausgezeichnetem Bestseller "Going Clear" und bietet einen eindrucksvollen und oft auch erschreckenden Einblick in die von dem ehemaligen Science-Fiction-Autor L. Ron Hubbard gegründete "Scientology Kirche".