Berlin 1994. Nach 40 Jahren erfolgte der größte Militärabzug der Geschichte aus einem besetzten Land. Heute sind von der einst so ruhmreichen Sowjetarmee kaum noch Spuren übrig. Wie haben "Besatzer" und "Besetzte" eigentlich alltäglich zusammengelebt? Konnten aus ehemaligen Feinden überhaupt Freunde werden? Welche Rolle spielten die Wächter in Ostberlin und Moskau? "Sowjetarmee geheim" erlaubt einen unverstellten Blick auf das Geschehen in den sowjetischen Kasernen und auf das komplizierte Verhältnis zwischen den Deutschen in der DDR und den hier nicht immer freiwilligen Soldaten aus der Sowjetunion. Eine filmische Spurensuche in zwei Folgen: Soldaten erzählen erstmals ohne Zensur von ihrem Alltagsleben im Bruderstaat DDR. Deutsche berichten von ihren Begegnungen mit den Menschen der ehemaligen Sowjetunion. Erzählt wird die dramatische Liebesgeschichte zwischen Vladimir und der jungen Margit aus Weimar; zwei längst erwachsene Männer berichten von ihrer Suche nach dem Vater, der Soldat oder Offizier der Roten Armee war; dem Schriftsteller Ulrich Schacht gelingt es nach Jahren seinen Vater ausfindig zu machen, junge Geschichtsdetektive aus Weimar bekommen Besuch von einem Moskauer Ingenieur; drei rüstige Damen erinnern sich an ihren langjährigen Arbeitgeber, einen sowjetischer Großhandel und Vitali, ein Chemiefacharbeiter aus der Ukraine erzählt vom harten Leben der einfachen Soldaten, das er zwei Jahre lang in Weißenfels zu überstehen hatte.