Im Dezember 1993 kommt Fanny, 14 Jahre alt, ins Kinderhaus Hohenschönhausen, einem Heim für Kinder und Jugendliche im Ostteil Berlins. Nach dem Bruch mit ihren Eltern, nach einem Jahr auf der Straße und in verschiedenen Heimen, möchte sie ein neues Leben anfangen. Doch schon vier Wochen später ist Fanny wieder verschwunden. Der Dokumentarfilmer Andreas Dresen hat Fanny während ihres kurzen Aufenthalts im Heim mit der Kamera begleitet. Keine kritische Sozialreportage war sein Anliegen, sondern eine unspektakuläre Filmbeobachtung an einem Ort, der von Vorurteilen und Klischeebildern geprägt ist, zumindest nach außen. Die Schicksale und Biographien der Heimkinder konfrontieren uns mit den Abgründen unserer gesellschaftlichen Realität. Alkoholismus, Kriminalität, Asozialität, sexueller Missbrauch, soziale Not - das sind nur einige Ursachen der im Amtsdeutsch so genannten "Fremdunterbringung". Der Film "Kuckuckskinder" lässt den Zuschauer auf unmittelbare Weise miterleben, was die Einweisung ins Heim für ein Kind bedeutet. Die Dreharbeiten waren "eine Reise ins Ungewisse". Für ein paar Wochen lebte das Filmteam im "Kinderhaus Hohenschönhausen", begleitete Fanny mit sensibler Aufmerksamkeit durch ihren Alltag und versuchte, sich ihrer Lebensgeschichte und Persönlichkeit zu nähern.