Bei einer Explosion in einem streng geheimen unterirdischen Forschungslabor der US-Regierung in New Mexico sind zwei bedeutende Wissenschaftler verschüttet worden. Außerdem sickert Säure aus einem lecken Tank und droht, das Grundwasser der ganzen Region zu vergiften. Top-Agent MacGyver wird zu Hilfe gerufen. Es gelingt ihm zwar zunächst, einige Kollegen der verschütteten Wissenschaftler zu befreien. Aber es gibt noch mehr Probleme.