MacGyver und Pete Thornton werden von dem Kommandeur einer Kampfschwimmereinheit gebeten, einige Überfälle auf Jachten zu untersuchen. Beim nächsten Überfall der Piraten werden MacGyver und Thornton aktiv. Das Opfer war Dr. Barbara Ortega, eine junge Meereskundlerin, der man Teile eines alten spanischen Goldschatzes entwendet hat. Die junge Frau wird von den Piraten gekidnappt, als sie erfahren, dass Dr. Ortega den versunkenen Schatz orten kann.