Nachdem ein Erdling durch ein Missverständnis eine ganze Stadt der Mysterons, mächtigen Marsbewohnern, zerstört hat, befindet sich die Erde im Krieg. Die ständigen Versuche der Aliens, Menschen zu manipulieren und für ihre Zwecke zu missbrauchen werden aber immer wieder von Captain Scarlet, Angehöriger einer schlagkräftigen Verteidigungsorganisation, und seinem Team vereitelt.