In der zweiten Staffel geht es um die Mission des Navy SEAL Team Six, das Terrornetzwerk zu zerstören, das für die Erschießung ihres ehemaligen Teamleiters Richard „Rip“ Taggart verantwortlich ist. Unter der Führung von Joe „Bear“ Graves werden sich die Navy SEALS mit der gerissenen und hartnäckigen CIA-Offizierin Gina Cline zusammentun, um Osteuropa zu durchkämmen, feindliches Gebiet und terroristische Brennpunkte wie Tschetschenien zu infiltrieren, während sie den Drahtzieher hinter Michaels dschihadistischem Netzwerk aufspüren.
01
Die arabische Löwin
Nach der Schießerei planen Graves und die SEAL ihre Rache.
Michael gerät in die Hände der CIA und Agentin Gina Cline sucht nach dem Drahtzieher des Angriffs.
02
Ghosts
In Rips Abwesenheit geraten Graves und Ortiz über die Richtung des Teams aneinander. Ginas Verhör von Michael wird persönlich. Die SEALS lernen ihr neues Teammitglied Trevor kennen.
03
Allah ist groß
Mit Gina Clines neuen Geheiminformationen im Gepäck macht sich SEAL-Team Six auf nach Bosnien. Ziel ist es, der Gefangennahme des „Prinzen“, dem Drahtzieher hinter dem Anschlag auf Rip, während eines Boxkampfs einen Schritt näher zu kommen. Bei dem Einsatz wird Alex Caulder verletzt und muss ins Krankenhaus – ausgerechnet er, der mit undefinierbaren Kopfscherzen zu kämpfen hat.
04
Visionen
Gina Cline gibt Michael Nasry eine letzte Chance, endlich seine Verbindung zum „Prinzen“ offenzulegen. Währenddessen greift „Buddhas“ Frau Jackie zu verzweifelten Maßnahmen, um ihre in Gefahr schwebende Familie zu schützen. Ein hochrangiger Vertrauter des Präsidenten, Andrew Hall, und seine Assistentinnen werden in Aserbaidschan als gekidnappt. Gina Clines Vorgesetzte macht starken Druck.
05
Masken
Das SEAL-Team Six wird nach Aserbaidschan beordert, um Andrew Hall zu befreien. Doch es findet nur dessen Assistentinnen im Versteck vor. Alex Caulder muss nach dem Krankenhausaufenthalt eine langweilige Reha machen, um wieder 100-prozentig Einsatzfähig zu werden. Doch dort trifft er auf Dawn – eine Seelenverwandte. Der „Prinz“ schlägt Gina Cline besonderen Deal im Austausch für Andrew Hall vor.
06
Indianerland
Die SEALs müssen sich beweisen, als sie dazu abgestellt werden, einen Gefangenenaustausch mit Tschetschenien zu planen und durchzuführen.
07
Kishnet
Die Situation wird ernst als eine Schießerei in einem isolierten Dorf ausbricht, in dem sich die SEALs verstecken. Da sie keine weiteren Optionen mehr haben, trifft Gina (Lisa Munn) eine Entscheidung, die den Kurs der Mission verändert.
08
Bluthunde
Jackie bekommt Ärger mit "Buddha", weil er ihre Waffe im Haus entdeckt. Die Schlinge um Michael Nasrys Kopf zieht sich zu: Mittlerweile ist er in der Gewalt des "Prinzen". Auch Gina Cline wird von ihren CIA-Vorgesetzten erpresst. Doch dann wendet sich plötzlich das Blatt für beide: Michael hat eine rettende Idee und auch das Geheimwissen der CIA-Agentin stehen plötzlich wieder hoch im Kurs.
09
Die Abrechnung
SEAL-Team Six ist mit Alex Caulder wieder komplett und rückt zu einem neuerlichen Einsatz gegen den "Prinzen" aus. Michael Nasrys Tipps machen es möglich, ihn und den "Prinzen" in einem Geheimversteck aufzuspüren. Aber das Gebiet ist stärkstens bewacht und die Mission kein Zuckerschlecken. Es kommt zu einem Schwerverletzten und der neue Kollege Trevor kann endlich seine Qualitäten beweisen.
10
Kismet
Noch hat der "Prinz" die Oberhand und Michael Nasry muss seinen letzten Trumpf ausspielen, um am Leben zu bleiben. CIA-Agentin Gina Cline überwacht die ziemlich ausweglose Operation von SEAL-Team Six zusammen mit deren Einsatz-Koordinator. Als sie persönlich vor Ort eintrifft, trifft sie eine folgenschwere Entscheidung. Nach der Rückkehr des Teams zu seinen Angehörigen geschieht Unvorstellbares.