Ein U-Boot der japanischen Selbstverteidigungsstreitkräfte kollidiert angeblich mit einem amerikanischen Atom-U-Boot. Alle 76 Besatzungsmitglieder, darunter auch der Kommandant Shiro Kaieda, werden für tot erklärt. In Wahrheit überlebt die Crew. Der Unfall ist lediglich inszeniert worden, um die Mannschaft unbemerkt an Bord der Seabat zu bringen, einem geheimen Atom-U-Boot, das von der japanischen und amerikanischen Regierung entwickelt wurde. Kaieda rüstet die Seabat jedoch mit Atomraketen aus, meutert plötzlich und flieht.
01
Episode 1
Das U-Boot Yamanami der japanischen Marine kollidiert mit einem US-Atom-U-Boot. Alle 76 Menschen an Bord, darunter auch Kommandant Shiro Kaieda, kommen dabei ums Leben. Hiroshi Fukamachi, der Kommandant des Diesel-U-Boots Tatsunami, schöpft Verdacht und analysiert die aufgezeichneten Daten des Zusammenstoßes.
02
Episode 2
Das von Kaieda gekaperte hochmoderne Atom-U-Boot Seabat taucht vor der Siebten Flotte der USA auf. Diese hat sich versammelt, um das als terroristische Bedrohung geltende U-Boot zu versenken. Doch dort macht Kaieda eine überraschende Verkündung.
04
Episode 4
Kaieda nimmt endlich den Kampf gegen die US-Streitkräfte auf. Drei Atom-U-Boote der Siebten Flotte rücken auf die Seabat vor. Chefkabinettssekretär Wataru Unabara reist zu einem Gipfeltreffen mit US-Präsident Bennett.
05
Episode 5
Ein japanisch-amerikanisches Gipfeltreffen endet ohne Einigung. Unterdessen feuert die 3. US-Flotte eine U-Boot-Abwehrrakete auf den 2. Marinekonvoi ab, der unter Fregattenkapitän Numata die Seabat eskortiert.
06
Episode 6
Nach dem Gefecht mit der Dritten US-Flotte erreicht Kaieda die Bucht von Tokio, um eine Allianz mit Japan zu schließen. Daraufhin macht die japanische Regierung die Ereignisse öffentlich, die mit dem streng geheimen Seabat-Projekt ihren Anfang nahmen.
07
Episode 7
Kaieda erscheint zu dem Treffen. Die Bündnisverhandlungen zwischen Japan und dem unabhängigen Staat Yamato werden der Welt mitgeteilt. Sobald die Gespräche abgeschlossen sind, stuft Präsident Bennett die Yamato als Terrororganisation ein und befiehlt ihre Zerstörung.