Der zweite Teil von Tokyo Ghoul :re setzt die Geschichte um Ken Kaneki fort, der nach der Konfrontation mit Eto und Karren, bei der er Eto umbrachte, sein Gedächtnis und damit seine Identität wiedererlangt hat. Nachdem er Shuu vom Dach des Unterschlupfes stieß und Karren ihr Leben gab, um ihn zu retten, schließt er sich vorerst wieder der Quinx-Einheit an, nur um schnell zu erfahren, dass auch Ginshi sein Leben geben musste. Während er nun Kukis Inkompetenz für den Tod Ginshis verantwortlich macht, sind die Mitglieder von Aogiri Tree dabei, den verwundeten Shuu zu retten und im Anschluss die Leiche Ginshis in ihren Gewahrsam zu nehmen. Was wird aus Ken Kaneki? Wie soll es nun, da er sein Gedächtnis zurückerlangt hat, weitergehen?
01
Und noch einmal
Die CCG findet das Hauptquartier von Aogiri Tree. Hinamis Hinrichtung ist geplant. Takatsuki macht eine verblüffende öffentliche Ankündigung.
02
Weiße Dunkelheit
Ayato führt einen Angriff auf Cochlea an, um Hinami zu retten, Touka und Yomo schließen sich ihm dabei an. Haise versucht, Hinami in Sicherheit zu bringen, wird aber von Furuta aufgehalten. Als die anderen durch den Keller fliehen, konfrontiert Haise Arima.
03
Cross Game
CCGs Angriff auf Aogiri Tree geht weiter, Urie und Saiko versuchen alles um Mutsuki zu retten. Tatara und Kurona stellen sich gegen die Ermittler. Akira erhält überraschende Hilfe.
04
Zerschlagenes
Die Kämpfe auf Rushima erreichen ihren Höhepunkt und Akira trifft eine schicksalhafte Entscheidung. Urie setzt zusammen mit den neuen Mitgliedern des Quinx Squads die Suche nach Mutsuki fort. Arima macht Kaneki eine verblüffende Enthüllung.
05
Begegnung, Ratlosigkeit
Kaneki versammelt die verbleibenden Mitglieder von Aogiri Tree und Anteiku, um die Gründung einer neuen Ghoul-Organisation zu verkünden. Akiras Behandlungsverlauf nimmt eine überraschende Wendung. Yomo und Touka versuchen beide, mit ihrer Vergangenheit Frieden zu schließen.
06
Glorreich
Die CCG-Ermittler, die Haise nahe standen, reagieren auf seinen Fortgang. Furuta übernimmt die Leitung der CCG und entwickelt eine neue Strategie für den Umgang mit den Ghouls. Die Clowns beginnen zu randalieren und bedrohen das CCG-Hauptquartier.
07
Band
Unter Furuta geht die CCG hart gegen die Ghoul-Gemeinschaft vor und zwingt Goat unter zu tauchen. Takeomi und Yoriko vereinbaren einen Hochzeitstermin. Mutsuki macht Kaneki ausfindig und versucht ihn zurück zu holen.
08
Das erwachte Kind
Mutsuki führt die Oggais bei einem Angriff auf Goats unterirdisches Versteck an. Urie und Kuroiwa konfrontieren Furuta in seinem Büro. Kaneki und Suzuya stehen sich im Kampf gegenüber. Kaneki geht zu drastischen Mitteln über, um Touka zu schützen.
09
Gedächtnis
Als Dr. Kanou die Grabstätte seiner Familie besucht, stellt Kurona ihn zur Rede. Die CCG gewinnt einen neuen Verbündeten und Experten für Ghouls. Hide nimmt die Hilfe von Akira und Amon in Anspruch, um der CCG seinen Fall darzulegen.
10
Schluss der Tragödie
Während Kanekis Körper in seiner riesigen Kralle schlummert, führt er einen inneren Dialog mit Rize. Eine Krise versetzt die Stadt in Alarmbereitschaft und zwingt die CCG und die Ghouls dazu, zusammenzuarbeiten.
11
Zufällige Begegnung
Nach zunehmender Drachenaktivität und der Entdeckung eines zweiten Kerns, melden sich Kaneki und Ayato freiwillig, um sich darum zu kümmern. Als Kaiko und die Mitglieder von V einen Angriff starten, müssen CCG und die Ghouls Seite an Seite kämpfen, um sie aufzuhalten.
12
The Final Episode
Kaneki und Furuta setzen ihr Duell unterhalb der Straßen von Tokio fort, während oberirdisch die CCG und Goat den Mitgliedern von V gegenüber stehen. Kaneki erinnert sich an die Ereignisse der vergangenen Jahre, seine Ideale und die Menschen um ihn herum.