Ein U-Boot der japanischen Meeresselbstverteidigungsstreitkräfte kollidiert angeblich mit einem amerikanischen Atom-U-Boot. Alle 76 Besatzungsmitglieder, darunter auch der Kommandant Shiro Kaieda, werden für tot erklärt. Doch die Mannschaft hat überlebt. Der Unfall ist nur ein Vorwand, um die Crew an Bord der „Seabat“ zu bringen, einem geheimen Atom-U-Boot, das von der japanischen und amerikanischen Regierung entwickelt wurde. Kaieda rüstet die „Seabat“ mit Atomraketen aus, meutert plötzlich und flieht.