Eine Seuche namens Geostigma hat die Erdbevölkerung radikal dezimiert. Als plötzlich Kinder entführt werden, die mit der Krankheit infiziert sind, ruft das den Einzelkämpfer Cloud auf den Plan. Einst hatte er gegen die Truppe des wahnsinnigen Despoten Sephiroth gekämpft und sich dann zur Ruhe gesetzt. Nun scheint es, dass Clouds Dienste im Namen der Weltsicherheit erneut gefragt sind.