Zum Testen ihres neuen Katapults schießen sich Phineas und Ferb über die Stadt. In der Luft stoßen die beiden Brüder mit ihrem Haustier, dem Schnabeltier Perry, zusammen und landen in einer seltsamen zweiten Dimension. Um Phineas und Ferb vor dem Bösewicht Dr. Doofenschmirtz zu retten, muss Perry sein Doppelleben als Geheimagent offenbaren. Zusammen mit ihren Freunden kämpfen die drei gegen schreckliche Monster und Roboterarmeen. Werden sie Dr. Doofenschmirtz besiegen können?