Die Serie endet in der dritten Staffel mit einem Handlungsbogen, in der Lex Luthor vom intelligenten, verbrecherischen Gorilla Grodd als Mitglied seiner Verbrecherorganisation angeheuert wird. Luthor macht zunächst mit, weil er versucht, seine jetzt unterbrochene Verbindung mit Brainiac wiederherzustellen, rebelliert schließlich jedoch und übernimmt selbst die Organisation. Seine Bemühungen, Brainiac wieder zu rekonstruieren, führen dazu, dass Supermans alter Feind Darkseid wieder zum Leben erweckt wird und dieser die Erde angreift. Superhelden und Superschurken müssen sich zusammenraufen, um die Zerstörung der Erde abzuwenden, und ironischerweise ist es Luthor, der die Erde rettet, indem er sich zu einem gottgleichen Wesen verwandeln lässt und Darkseid das gibt, wonach er lange gesucht hat: die Anti-Lebensgleichung
01
Luthors Flucht
Der neu entkommene Lex Luthor erhält einen Mitgliedschaftstest für Grodds erweiterte Legion of Doom.
02
Der Schatten des Hawk
Shayera wird von einem Archäologen angesprochen, der überzeugt ist, dass er der wiedergeborene Ehemann einer früheren Inkarnation von ihr ist.
03
Der Kampf im Inneren der Erde
Green Lantern führt Stargirl, S.T.R.I.P.E. und Supergirl nach Skartaris, einer fantastischen Welt, in der sie einen neuen Helden treffen.
04
Auf zu neuen Ufern
Wonder Woman erfährt von einer Verschwörung, die Kräfte der 3.000 Jahre alten Leiche des Wikingerprinzen zu stehlen.
05
Flashs Ehrung
Ein Tag im Leben von Wally West aka The Flash. Der Tag beinhaltet West bei seiner täglichen Arbeit als Kriminaltechniker, die Einweihung des Flash-Museums und die Angriffe von vier Bösewichten.
06
Grodds Plan
Die Liga kommt Boston Brand zu Hilfe, dem Geist eines verstorbenen Zirkusakrobaten, der ihre Hilfe benötigt, um die Seelen von Mitgliedern eines Mönchsordens zu bergen.
07
Die Machtfrage
Green Arrow muss ein Team von Helden ohne Superkräfte gegen einen wahnsinnigen Supersoldaten führen, der Metropolis angreift.
08
Dr. Fates Versuch
Ein mystisches Artefakt bewirkt, dass Lex Luthor und Flash die Körper wechseln.
09
Roulette macht Kasse
Roulette engagiert die Damen der Justice League in ihrer neuen und verbesserten Gladiatorenarena.
10
Fern der Heimat
Supergirl wird zusammen mit Green Lantern und Green Arrow entführt und ins 31. Jahrhundert versetzt. Dort wartet ihre wirklich allerletzte und ultimative Mission auf sie.
11
Eine uralte Geschichte
Hawkman kehrt mit Shadow Thief zurück und entdeckt die wahre Natur seiner Beziehung zu Hawkgirl.
12
Die Wiedergeburt
Die Justice League tritt in einem letzten Kampf gegen ihre Gegner in der Legion of Doom an und enthüllt den geheimen Sponsor der Legion und das Geheimnis hinter ihren ultimativen Plänen.
13
Zerstörer
Der auferstandene Darkseid führt seine Truppe zu einem umfassenden Angriff auf die Erde an, um sich an Superman zu rächen. Die Justice League und die Legion of Doom müssen sich zusammenschließen, um ihn aufzuhalten.