Saigon, 1969: Nach Wochen der Untätigkeit wird Captain Willard ins vietnamesische Hauptquartier der CIA gerufen. Der vom Krieg gezeichnete Soldat, für das zivile Leben längst untauglich geworden, erhält einen prekären Spezialauftrag.
Es geht um den hochdekorierten, vormals geachteten Walter E. Kurtz, ein Absolvent der elitären Militärakademie in Westpoint. Der Colonel ist unkontrollierbar geworden, er behandelt seine Einheit wie eine Privatarmee und lässt sich im kambodschanischen Dschungel wie ein Gott verehren. In den Augen der militärischen Führung ist Kurtz verrückt geworden, Willard soll ihn finden und töten.
Mit einer Handvoll Soldaten macht er sich in einem kleinen Patrouillen-Boot auf den Weg. Je weiter die Männer auf ihrer Flussfahrt kommen, desto unwirklicher erscheint ihnen das Kriegsgeschehen. Wenn der zynische Colonel Kilgore ein ganzes Dorf ausradiert lässt, nur damit seine Leute surfen können - wie verrückt mag dann erst Kurtz sein?
Nach einer gespenstischen Zwischenstation bei französischen Plantagenbesitzern trifft Willard schließlich auf einen Eingeborenenstamm und einen völlig überdrehten amerikanischen Fotoreporter. Der Wegrand ist mit aufgespießten Köpfen gesäumt und in den Bäumen hängen Leichen: das Herz der Finsternis.