Dr. Elizabeth Weir und ihr Atlantis Team gehen auf eine gefährliche Mission mit ungewissem Ausgang: Sie treten durch das Stargate, um die sagenumwobene Stadt Atlantis zu finden. Doch das Ziel befindet sich so weit weg, dass die Stargate-Energie nicht für eine Rückkehr reicht. In einer von der Erde unermesslich weit entfernten Galaxis stoßen sie auf technische Wunderwerke, neue Verbündete - aber auch auf einen neuen schrecklichen Feind...