Zwei Jahre später wiederholte sie diesen Erfolg und wurde erneut unter großem Kritikerbeifall mit beiden Preisen prämiert diesmal für ihre Hauptrolle in Susanne Biers Liebeskomödie "Der einzig Richtige". Zu Sidses weiteren Rollen gehören Søren Kragh-Jacobsens Dogma-Film "Mifune" (1998), Michael Wikkes und Steen Rasmussens "Motello" (1998), Trine Piil-Christensens "Max" (2000) und Natasha Arthys "Miracle - Ein Engel für Dennis P." (2000).
Nach einem Auftritt in Jonas Elmers "Mona's World" (2000) stand Sidse Babett Knudsen unter der Regie von Niels Arden Oplev in dessen Komödie "Chop Chop" (2001) vor der Kamera. Danach besetzte sie erneut Natasha Arthy in ihrer Komödie "Alt, neu, geliehen & blau" (2003), bevor sie in dem Abenteuer "Der Fakir" (2004) an der Seite von Moritz Bleibtreu zu sehen war. Eine großartige schauspielerische Leistung gab Sidse schließlich erneut in einer Regiearbeit von Susanne Bier, dieses Mal in dem brillant inszenierten Drama "Nach der Hochzeit" (2006).
Die Schauspielerin war außerdem der Star zahlreicher dänischer TV- und Theaterproduktionen und gehört zu den Ehren-Preisträgern der Marguerite Viby Foundation. Weitere Filme mit Sidse Babett Knudsen: "Villa paranoia", "Bjørno & Bingo" beide (2004), "Til døden os skiller" (2007), "Gefährliche Seilschaften" (TV-Serie, 2010-2012).