Danach fand er reichlich Beachtung in zahlreichen Fernsehprodukionen wie "Rough Justice", "Bad Company" oder "Meat". Im Kino war er 1997 neben Julie Christie in Alan Rudolphs "Liebesflüstern" und in dem Kriegsdrama "Der Preis der Ehre" von Gilles Mac Kinnon zu sehen. 2000 spielte er in der Jane-Austen-Adaption "Mansfield Park" unter der Regie von Patricia Rozema und drehte mit Christopher Plummer den Horrorfilm "Wes Craven präsentiert Dracula".
Außerdem stand er zuvor in dem Kostümfilm "Plunkett & Macleane" (1999) von Jake Scott erneut mit seinem Freund Robert Carlyle, mit dem er schon in "Trainspotting - Neue Helden" gespielt hatte, vor der Kamera. Mit seinen Schauspielkollegen und Freunden Jude Law und Ewan McGregor gründete Jonny Lee Miller auch eine eigene Filmproduktionsfirma, "Natural Nylon". Von 1995 bis Anfang 1999 war Jonny Lee Miller mit seiner amerikanischen Schauspielerkollegin Angelina Jolie, Tochter von Jon Voight, verheiratet.
Weitere Filme und Serien mit Jonny Lee Miller: "Mansfield Park" (1983, Serie), "Mehr Schein als Sein" (1990, Serie), "Inspector Morse" (1991, Serie), "Dead Romantic" (1992), "Goodbye Cruel World" (1992, Serie), "Casualty" (1992, Serie), "EastEnders" (1993/94, Serie), "Dead Man's Walk" (1996, Serie), "Complicity", "Love, Honour and Obey" (beide 2000), "Jagd nach Vergeltung" (2001), "The Canterbury Tales" (2001, Serie), "Byron" (2003), "Mindhunters", "Melinda und Melinda" (beide 2004), "Aeon Flux", "The Flying Scotsman" (beide 2005), "Die Mandela-Verschwörung" (2008), "Eli Stone" (Serie, 2008-2009), "Emma" (2009), "Dexter" (Serie, 2010), "Elementary" (Serie), "Dark Shadows" (beide 2012).