Duguay führte weiterhin Regie bei dem Thriller "Art Of War" (2000) mit Wesley Snipes, "The Assignment - Der Auftrag" (1997) mit Donald Sutherland, Ben Kingsley und Aidan Quinn, dem Scifi-Film "Screamers - Tödliche Schreie" (1995) mit Peter Weller, dem Abenteuerstreifen "Verloren im Schneesturm - Eine Familie kämpft ums Überleben" (1994), dem Krimi "Racheengel in Leder" (1993) mit Famke Janssen, und dem Action-Film "Hydrotoxin - Die Bombe tickt in dir" (1991) mit Pierce Brosnan.
1996 inszenierte Duguay den Mehrteiler "Der Mutter entrissen", eine kanadisch-amerikanische Koproduktion über das Schicksal der berühmten Fünflinge von Dionne, mit Beau Bridges und Kate Nelligan. Duguay wurde dafür mit einem Gemini Award geehrt (dem kanadischen Pendant zum Emmy). Zwischen seinen Filmprojekten dreht Duguay immer wieder auch TV-Serien-Epsioden für die US-Mystery-Serien "The Hitchhiker", "The Hidden Room" und "The Hunger" sowie preisgekrönte Werbefilme, darunter Spots für Coca Cola, Pepsi, Chrysler und McDonalds.
Weitere Filme von Christian Duguay: "Scanners II" (1991), "Scanners III" (1992), "Weit draussen lauert der Tod" (1993), "Extreme Ops" (2002), der TV-Mehrteiler "Hitler - Aufstieg des Bösen" (2003), "Frauenhandel - Kampf gegen das Kartell", "Die Lügen meiner Mutter" (beide 2005), "Coco Chanel" (2008), "Augustinus" (2009), "Pius XII." (2010).