Nach einigen kurzen Fernsehauftritten, darunter in der ABC-Serie "Too Soon For Jeff" (1996), gab Freddie Prinze Jr. sein Spielfilmdebüt in dem melancholischen Liebesdrama "Schatten einer Liebe" (1996) neben Michelle Pfeiffer und Claire Danes. Danach folgte "Wer hat Angst vor Jackie-O.?".
1997 folgte noch sein endgültiger Durchbruch, als er neben anderen Teen-Stars wie Jennifer Love Hewitt und Sarah Michelle Gellar in dem Slasher-Movie "Ich weiß, was du letzten Sommer getan hast" vor der Kamera stand. EIn Jahr später war er auch noch in dem Nachfolger "Ich weiß noch immer, was du letzten Sommer getan hast" (1998) mit von der Partie.
Das Jahr 1999 brachte schließlich eine Renaissance der Highschool-Komödie, und "Eine wie keine" mit Rachael Leigh Cook wurde zu einem internationalen Hit. Prinze spielte den angesagten und heiß umschwärmten Zack, der es sich zur Aufgabe gemacht hat, aus dem angeblichen hässlichsten (oder zumindest trampelhaftesten) Mädchen der Schule die Königen des Abschlussballs zu machen.
Gänzlich belanglos war Prinzes nächster Film, "Wing Commander" (1999), eine auserlesen dümmliche "Das Boot"-Variante im Weltall. Seine Partner in diesem, wiederum ganz auf ein Teenager-Publikum zugeschnittenen Film waren "Scream - Schrei des Todes"-Star Matthew Lillard und Saffron Burrows ("Deep Blue Sea").
Danach spielte Freddie Prinze Jr. wieder in Komödien: Mit Julia Stiles ("10 Dinge, die ich an dir hasse") und Selma Blair ("Eiskalte Engel") drehte er "Den einen oder keinen" (2000), neben Claire Forlani ("The Rock - Fels der Entscheidung") in "Boys, Girls & A Kiss" (2000), mit Monica Potter ("Patch Adams") erschien er in "Hals über Kopf" (2001), als blonder Jüngling in "Scooby-Doo" (2002) sowie in dem Nachfolger "Scooby Doo 2: Die Monster sind los" (2003).