Seit der Konfrontation in Moskau, bei der Jason Bourne seinen Verfolgern wieder einmal entkommen konnte, ist der ehemalige CIA-Agent auf der Flucht. Als er einen Zeitungsartikel über sich selbst liest, verabredet er sich mit dem Londoner Journalisten Simon Ross, der von der CIA observiert wird, da er über vertrauliche Informationen zum Geheimprojekt "Blackbriar" verfügt. Bourne versucht, Ross vor der CIA in Sicherheit zu bringen, aber bei einem Treffen am Londoner Hauptbahnhof wird der Journalist vor seinen Augen erschossen.
In Madrid trifft Bourne auf seine ehemalige Agentenkollegin Nicky Parsons. Gemeinsam versuchen sie, den Informanten von Ross ausfindig zu machen und Bourne reist nach Marokko. Unterdessen setzt Noah Vosen, CIA-Vize und der Kopf von "Blackbriar", alles daran, jeden Mitwisser des illegalen Geheimprojekts auszuschalten.
Bei der Fahndung nach Bourne wird Vosen unterstützt von Agentin Pamela Landy. Sie war Bourne schon zuvor auf den Fersen, lehnt aber nun Vosens Entscheidung ab, den flüchtigen Agenten und seine Begleiterin einfach ermorden zu lassen. Bourne bricht schließlich auf zur CIA-Filiale in New York, wo "Blackbriar" begann – und wo es enden soll.