Chimpansee Minkey en zijn partner Mike vormden jarenlang een onklopbaar duo in de spionagewereld. Na de geboorte van zijn dochtertje Amelia trok Mike zich terug uit de business. Ruim 10 jaar later wordt Amelia -die een wetenschappelijk genie blijkt te zijn- ontvoerd door de boosaardige Dr. Farley. Die is van plan om Amelia's uitvinding, een revolutionaire chemische boor, te misbruiken om de wereldheerschappij te veroveren. Minkey en Mike slaan de handen opnieuw in elkaar om Amelia -én de wereld- te redden.