Für ihre eindrucksvolle Verkörperung der schwangeren Rose wurde sie von der Boston Society of Film Critics mit dem Preis für die beste Darstellerin ausgezeichnet und 1998 als beste Darstellerin bei den British Independent Film Awards nominiert. Für ihre Rolle der stummen Hattie in Woody Allens "Sweet and Lowdown" (1999) wurde Samantha Morton sogar für Golden Globe und Oscar nominiert. Den Golden Globe gewann Morton schließlich 2008 für ihre Rolle einer fünffachen Kindermörderin in dem Justizdrama "Die Moormörderin von Manchester" (2006).
Deutsche Fernsehzuschauer konnten Samantha Morton zudem in Dairmuid Lawrences TV-Film "Emma" (1997) und als "Jane Eyre" (1996) unter der Regie von Robert W. Young sehen. Nach ihrer Rolle in "Jesus' Son" (1999) spielte sie neben Rupert Graves in Eric Styles "Meine Liebe zu Joseph Lees" (1999). 2001 stand sie an der Seite von Tom Cruise für Steven Spielbergs Scifi-Thriller "Minority Report" vor der Kamera.
Weitere Werke mit Samantha Morton: "Boon" (TV-Serie, 1991), "Peak Practice" (TV-Serie), "Cracker" (TV-Serie) (beide 1994), "The Future Lasts a Long Time" (1996), "The History of Tom Jones, a Foundling" (TV-Mehrteiler, 1997), "This Is the Sea" (1998), "The Last Yellow" (1999), "Pandaemonium" (2000), "Eden" (2001), "Morvern Callar", "In America" (beide 2002), "Code 46" (2003), "Enduring Love", "The Libertine" (beide 2004), "River Queen" (2005), "Elizabeth - Das goldene Königreich", "Control" (beide 2007), "The Messenger - Die letzte Nachricht" (2010), "Cosmopolis" (2012).