Dies brachte Mullan in so unterschiedliche Produktionen ein wie "Braveheart" (1995) oder dem Junkie-Jux "Trainspotting - Neue Helden" (1995). Was Mullan alles im mimischen Repertoire hatte, wurde der Filmwelt indes erst 1998 so wirklich offenbart, als er wiederum von Loach in der Titelrolle von "My Name Is Joe" ganz brillant als entsagender Alkoholiker besetzt wurde, der sich mit kleinen wie bewegenden Schritten seine Würde zurück erobert.
Nachdem Mullan zuvor bereits die Kurzfilme "Fridge" (1995) und "Good Day for Bad Guys" (1996) geschrieben und inszeniert hatte, brachte er im selben Jahr außerdem sein Spielfilm-Regiedebüt "Orphans" nach Venedig, wo die Tragikomödie über Beerdigungen und andere Familienzwischenfälle das Kunststück fertig brachte, von vier Jurys im Rahmen des 55. Filmfestivals mit vier verschiedenen Preisen ausgezeichnet zu werden. 2002 folgte mit "Die unbarmherzigen Schwestern" seine zweite Regie-Arbeit, die prompt mit dem Goldenen Löwen ausgezeichnet wurde. Wieder als Schauspieler sah man ihn danach mit Saffron Burrows in der Strindberg-Adaption "Miss Julie" von Mike Figgis, wofür Peter Mullan als bester Darsteller bei den British Independent Awards nominiert wurde.
Weitere Filme mit Peter Mullan: "Big Man" (1990), "Eine Frau aus Derry" (1993), "Kleine Morde unter Freunden" (1994),"The Wrong Blonde" (1999), "Ein ganz gewöhnlicher Dieb - Ordinary Decent Criminal" (1999), "Das Reich und die Herrlichkeit" (2000), "Young Adam", "Gauner unter sich", "Frühgeboren" (alle 2003), "Out of This World", "Blinded", "Waves" (alle 2004), "An einem klaren Tag" (2005), "Children of Men", "True North" (beide 2006), "Die letzte Legion", "Boy A" (beide 2007), "The Fixer" (Serie), "Stone of Destiny" (beide 2008), "Yorkshire Killer 1974", "Yorkshire Killer 1980", "Yorkshire Killer 1983" (alle 2009), "Tyrannosaur", "Gefährten" (beide 2011).