Ein ahnungsloser Professor der Volkskunde wird auf einmal von den japanischen Dämonen des Donners und Blitzes beeinflusst. Die 'Behörde zur Untersuchung und Abwehr paranormaler Erscheinungen' schickt Hellboy mit einem Agententeam. Der landet durch ein verfluchtes Schwert der Samurai in einer Dimension voll Monster und Geister. Während Liz Sherman und Fischmann Abe Sapien gegen einen Drachen kämpfen müssen, bleibt dem entnervten Hellboy nichts anderes übrig, als allein den gefährlichen Weg nach Hause anzutreten - erste Hellboy-Animation in Spielfilmlänge.