Eigentlich sollte Conrad Ketteler gerade sein Amt als Umweltreferent des neuen Landtagsabgeordneten Günter Balried antreten. Doch der Biologe und Naturschützer Ketteler wird tot aus dem Bodensee geborgen. Er stand im Mittelpunkt eines Streits zwischen den Naturschützern und einer Gruppe von Berufsfischern, die die geschützten, aber fischräubernden Kormorane bekämpfen. Klara Blum und Perlmann stellen bei ihren Ermittlungen fest, dass Ketteler heimlich Beweise für illegale Aktivitäten der Fischer gesammelt hatte. Entweder wurde er ermordet, weil er den Fischern mit seiner Prinzipientreue im Wege stand, oder aber, weil er in seinem Privatleben allzu wenig Prinzipien hatte. Eine Zeugin sagt aus, den Fischer Gasser am Tatabend in Kettelers Haus gesehen zu haben. Gasser streitet das vehement ab. Klara ist überzeugt, dass Gasser lügt, kann es ihm aber nicht beweisen. Fraglich ist auch, ob er lügt, weil er Ketteler ermordete - oder eher um Günther Balried zu schützen...

Regisseur Jürgen Bretzinger kann bereits auf zahlreiche "Tatort"-Inszenierungen zurückblicken, so etwa mit Ulrike Folkerts und Manfred Krug. Und auch mit Eva Mattes drehte er seit 2004 schon diverse Episoden wie etwa "Tatort - Blutsbande". "Der Kormorankrieg" allerdings kommt relativ zäh daher, was sicher auch an der Drehbuchvorlage von Matthias Dinter und Xao Seffcheque liegt. Für Dinter, der zuvor die Drehbücher für mehr oder weniger gelungene Filme wie "Die Bademeister - Weiber, saufen, Leben retten", "Fußball ist unser Leben" und "Feuer, Eis und Dosenbier" lieferte, war dies die erste "Tatort"-Folge, die er schrieb. Xao Seffcheque dagegen war schon am Drehbuch der Episode "Tatort - Die dunkle Seite" beteiligt.