Matthias Koeberlin, der seine Schauspielausbildung an der Hochschule für Film und Fernsehen Konrad Wolf in Potsdam absolvierte, gab sein Fernsehdebüt 1997 in Frank Streckers "Tatort - Fürstenschüler" an der Seite von Peter Sodann und Bernd Michael Lade. Im Anschluss folgte eine Rolle in der TV-Serie "Die Schule am See". Im Jahr darauf sah man Koeberlin neben Götz George und Suzanne von Borsody in der "Schimanski"-Episode "Schimanski - Rattennest" und als Sebastian Meier in der Arzt-Serie "In aller Freunschaft".
Seine Krimi-Erfahrung nutzte Koeberlin 1999 mit einem Auftritt in der "Polizeiruf 110"-Episode "Mordsfreunde" mit Jaecki Schwarz alias Komissar Schmücke, bevor er seine erste TV-Hauptrolle in "Ben & Maria - Liebe auf den zweiten Blick" erhielt. Darüber hinaus war er in einer Folge der Krankenhausserie "alphateam - Die Lebensretter im OP" zu sehen. 2000 besetzte Regisseur Hartmut Griesmayr Matthias Koeberlin in der "Polizeiruf 110"-Episode "Verzeih mir" und bei Kaspar Heidelbach stand er in der "Tatort"-Folge "Tatort - Quartett in Leipzig" vor der Kamera.
Ebenfalls 2000 entstand der TV-Thriller "Die zwei Leben meines Vaters", in dem Matthias Koeberlin den Filmsohn von Heinz Hoenig verkörperte, der sich in ein hübsches junges Mädchen alias Muriel Baumeister verliebt. Und in der Komödie "Babykram ist Männersache" musste sich Koeberlin um ein ausgesetztes Baby kümmern. 2001 folgte das Familiendrama "Die Rückkehr". 2001 war Koeberlin auch erstmals im Kino zu sehen: In der Love-Parade-Dreiecksgeschichte "Julietta" spielte er zusammen mit Lavinia Wilson und Barnaby Metschurat und in dem Episodenfilm "99euro-films" hatte er ebenfalls eine kleine Rolle. 2002 folgte eine weitere Winz-Rolle in "Der Stellvertreter" sowie ein Auftritt in "Tatort - Schatten" und die Hauptrolle in dem Zweiteiler "Das Jesus Video". Das Objekt der Begierde war er dann 2003 in der Komödie "Schwer verknallt", ebenfalls 2003 wagte er das "Experiment Bootcamp" und 2004 spielte er in "Der Grenzer und das Mädchen".
Und auch am Theater ist Matthias Koeberlin kein unbeschriebenes Blatt. 1998 spielte er erfolgreich im Maxim Gorki Theater in "Bekannte Gesichter, Gemischte Gefühle" von Botho Strauß in einer Inszenierung von Ursula Werner.
Weitere Filme mit Matthias Koeberlin: "Schimanski - Geschwister" (1998), "Liebesau - die andere Heimat" (2001), "Geschlecht weiblich" (2003), "Das Konklave" (2005), "Deutschmänner", "Tornado - Der Zorn des Himmels" (Deutscher Fernsehpreis 2007 als bester Darsteller), "Sperling und die kalte Angst", "Meine Tochter, mein Leben" (alle 2006), "Der geheimnisvolle Schatz von Troja", "Mein Mörder kommt zurück" (beide 2007), "Tatort - Verdammt", "Lutter - Blutsbande", "Lutter - Toter Bruder", "Wir sind das Volk - Liebe kennt keine Grenzen" (alle 2008), "Tatort - Häuserkampf", "Zwölf Winter", "Lutter - Mordshunger", "Vulkan", "Dutschke" (alle 2009), "Lutter - Rote Erde", "Das Leben ist zu lang", "Racheengel - Ein eiskalter Plan", "Go West - Freiheit um jeden Preis", "Restrisiko", "Alleingang" (alle 2010), "Spreewaldkrimi - Die Tränen der Fische", "In den besten Jahren", "Kommissar Marthaler - Die Braut im Schnee", "Bastard", "Die Schuld der Erben" (alle 2011), "Der Klügere zieht aus", "Tod an der Ostsee" (beide 2012), "Eine mörderische Entscheidung" (2013).